Ο βιότοπος είναι μια σύνθετη λέξη και προέρχεται από την λέξει βίος, δηλαδή ζωή και την λέξη τόπος, δηλαδή περιοχή που υπάρχει ζωή.
Βιότοπος γενικά ονομάζεται οποιαδήποτε περιοχή ή μέρος αυτής, επί της οποίας όμως ο προσδιορισμός της καθορίζεται από τους επικρατέστερους οργανισμούς που ζουν σε αυτή.

Η πρακτική της δημιουργίας ενός ενυδρείου βιότοπων περιλαμβάνει τη μίμηση ενός φυσικού υδρόβιου περιβάλλοντος. Ένα βιοτοπικό ενυδρείο δεν είναι παρά μια μικρή απομίμηση το φυσικού περιβάλλοντος και με τα φυτά και τα ψάρια της συγκεκριμένης περιοχής.

Από πρακτική άποψη, ένα βιοτοπικό ενυδρείο μπορεί να απλοποιήσει τις επιλογές σε υλικά και οργανισμούς. Με την επιλογή των ψαριών και των φυτών από το ίδιο περιβάλλον είναι λογικό ότι θα ζήσουν καλύτερα στις ίδιες τιμές pH, σκληρότητα και θερμοκρασίας. Η χλωρίδα και η πανίδα που έχει συνυπάρξει τόσα χρόνια στο φυσικό περιβάλλον, μπορεί να συνεχίσουν να συνυπάρχουν μέσα σε ένα βιοτοπικό ενυδρείο.

Το κλειδί για ένα επιτυχές ενυδρείο βιότοπων είναι λεπτομερής έρευνα και ο σωστός προγραμματισμός. Δεν θα πρέπει να επικεντρωθούμε σε μια συγκεκριμένη γεωγραφική περιοχή (πχ Αμερική), αλλά σε μια συγκεκριμένη μορφή νερού (λίμνη, ποταμός, ρεύμα κ.λπ.) μέσα στην περιοχή (πχ Rio Negro). Μετά από τον προσδιορισμό των ψαριών και φυτών που υπάρχουν διαθέσιμα στο εμπόριο, θα πρέπει επίσης να εξετάσουμε και τις μεμονωμένες συμπεριφορές των κατοίκων του βιοτοπικού ενυδρείου. Παραδείγματος χάριν δεν θα πρέπει να φιλοξενούνται και ο θηρευτής και το θήραμα στο ίδιο ενυδρείο (πχ Pterophyllum scalare με Cardinal Tetra).